Stofnfruma er fruma sem hefur getuna til að þroskast í allar mögulegar frumur líkamans. Stofnfrumum má skipta í tvo flokka, það eru fósturstofnfrumur og vefjasérhæfðarstofnfrumur.

Fósturstofnfrumur eru fyrstu frumurnar sem mynda lífveruna, en við getnað verður til ein fruma (okfruma) sem mun svo skipta sér og þroskast í allar frumurnar sem forma líkamann. Upp að ákveðnu stigi í fósturþroska hafa allar frumur fóstursins getuna til að mynda hvaða vef líkamans sem er, þær kallast fósturstofnfrumur.

Vefjasérhæfðarstofnfrumur vísa til stofnfrumna sem finnast í flestum ef ekki öllum vefjum líkamans, en þær frumur hafa þá getuna til að þroskast í að verða allar frumurgerðir vefjarins sem hún tilheyrir.

Hvernig veit fruma sem hefur möguleika á að verða hvaða frumugerð sem er í hvaða átt hún á að þroskast? Þroskun frumunnar ræðst að mestu leyti af því hvaða skilaboð hún fær frá umhverfinu. Vefurinn í kringum frumuna seytir frá sér mismunandi boðefnum, en það er bæði gerð boðefnanna og styrkur þeirra sem ræður því hvernig viðtakafruman bregst við. Þess vegna getur skipt máli hvar stofnfruman er stödd í vefnum því það hefur áhrif á styrk boðefnanna sem hún fær.

Einu stofnfrumurnar sem finnast í fullmótuðum líkama eru vefjasérhæfðarstofnufrumur. Áður fyrr voru fósturstofnfrumur mikið notaðar til rannsókna, en þær stofnfrumur fengust þá úr fósturvísum sem urðu til við tæknifrjóvgun en voru ekki notaðir. Við þetta vöknuðu margar siðferðisspurningar sem leiddu til lagasetningar þar sem notkun á fósturvísum með þessum hætti var bönnuð í það minnsta í flestum vestrænum ríkjum. Í dag eru rannsóknir sem fara fram á stofnfrumum, því framkvæmdar á vefjasérhæfðum stofnfrumum, eða á fósturstofnfrumulínum, sem urðu til áður en lagasetningin fór fram.

Rannsóknir á stofnfrumum geta svarað ýmsum spurningum varðandi myndun sjúkdóma sem og
þroskun mannslíkamans.